时空漏洞闭合后，宇宙暂时回归了表面的平静。陈默三人驾驶着「希望号」返回了主宇宙，迎接他们的是时空议会的嘉奖与赞誉。在盛大的庆祝仪式上，各国代表纷纷向他们表达感激之情，陈默成为了全宇宙的英雄。
然而，陈默并没有被荣誉冲昏头脑。他深知熵化生命体虽然被暂时击败，但威胁可能并未完全消除。在与时空议会的进一步交流中，他们得知在宇宙的边缘地带，有一些异常的能量波动迹象，似乎预示着新的危机正在酝酿。
陈默决定带领苏小萌和“零”再次踏上征程。他们对「希望号」进行了全面升级，安装了更强大的武器系统和先进的探测设备。在出发前，陈默收到了一封神秘的信件，信中只有一句话：“小心背后的眼睛。”他将信件收好，没有告诉伙伴们，心中却隐隐感到不安。
「希望号」驶向宇宙边缘，一路上，他们遭遇了各种奇异的天体和神秘的能量场。在经过一个巨大的星云时，战舰的传感器突然发出警报，显示有不明物体靠近。陈默启动探测系统，发现是一群外形奇特的飞船，它们的造型如同巨大的水母，表面闪烁着幽绿色的光芒。
这些飞船迅速将「希望号」包围，陈默尝试与它们进行通讯，但没有得到回应。就在气氛紧张的时候，一艘飞船上射出一道柔和的光线，在「希望号」的屏幕上显示出一段图像。图像中是一个美丽的星球，但星球表面却布满了战争的痕迹。
随后，一个声音传来：“我们是来自遥远星系的和平使者，我们的星球遭受了一场神秘的攻击，我们在寻找帮助。”陈默等人商议后，决定帮助他们。在交流中，他们得知这个星球的攻击与熵化生命体有关，而且攻击者似乎拥有比之前遇到的更强大的技术。
陈默带领「希望号」跟随和平使者的飞船来到了他们的星球。这个星球己经满目疮痍，城市被摧毁，人们生活在恐惧之中。陈默三人与星球上的科学家合作，试图找出攻击者的线索。在研究过程中，他们发现攻击者使用了一种新型的熵能武器，这种武器可以瞬间摧毁一个星球的生态系统。
与此同时，“零”发现了一个惊人的秘密。那些和平使者的飞船上似乎隐藏着某种特殊的装置，这些装置与之前收到的神秘信件中所暗示的“背后的眼睛”有关。陈默意识到，他们可能陷入了一个更大的阴谋之中。
就在他们准备撤离时，和平使者的飞船突然发动攻击。原来，他们是被熵化生命体控制的傀儡，目的是引诱陈默等人来到这个星球，然后将他们一网打尽。「希望号」陷入了重重包围，敌人的攻击越来越猛烈，战舰的护盾开始出现危机。
陈默迅速调整策略，他启动「时空共振」功能，试图利用周围的时空能量来增强战舰的护盾。同时，苏小萌和“零”则集中火力攻击敌人的薄弱点。在激烈的战斗中，「希望号」终于找到了敌人的指挥舰，陈默驾驶战舰冲向指挥舰，发动了致命一击。
敌人的攻击暂时被击退，「希望号」成功逃离了这个危险的星球。但陈默知道，真正的挑战还在后面。他们带着从敌人那里获取的情报，返回了时空议会，准备与各方势力共同商讨应对新威胁的策略。
而在宇宙的某个黑暗角落，一双真正的“眼睛”正注视着这一切，一场更大的风暴正在悄然酝酿……